José Antonio Conde García nació en la localidad alcarreña de La Peraleja (Cuenca) en 1766. Tras pasar un año en el seminario conquense de San Julián (1781-1782), estudió en la Universidad de Alcalá obteniendo el título de bachiller en Cánones en 1788. En 1789 opositó a la cátedra de lengua hebrea de aquella universidad, y en 1790 a la de griego, habiendo firmado también la de árabe. En 1791 se licencia en Cánones, se doctora en Derecho y es miembro de la Academia de Jurisprudencia de Alcalá. En 1792 se recibe de abogado de los Reales Consejos. En 1795 fue escribiente de la Biblioteca Real, en la que después fue oficial (1795-1799) y, por último, archivero (1805-1806). Le unió una fuerte amistad a Leandro Fernández de Moratín (1760-1828), con una de cuyas primas hermanas, casi treinta años menor que Conde, llegó a casarse en 1786. Fue elegido académico honorario de la Real Academia Española en 1801 y supernumerario en 1802, año en que ocupó la silla G, siendo destituido en 1814. Reingresó en 1818 para ocupar la silla N. También fue miembro de la Real Academia de la Historia (1802). Durante el reinado de José I (1768-1844, rey de España entre 1808 y 1813) fue jefe de División de Bibliotecas del Ministerio del Interior (1808), archivero y jefe de División del Ministerio del Interior (desde 1810) y miembro de la Junta de Instrucción Pública (1811). En 1812 fue nombrado caballero de la Orden de España. De pensamiento liberal y afrancesado, hubo de abandonar Madrid en 1812, camino de Valencia, pero en 1813 está de vuelta en Madrid, abandonando nuevamente la capital en el séquito del rey con destino a Francia, de donde volvió en la primavera de 1814, desharrapado y muerto de hambre, instalándose clandestinamente en Madrid, hasta que en 1816, con el correspondiente permiso, puede vivir en total libertad hasta su fallecimiento, en la mayor pobreza, en 1820.
Conde fue traductor de los poetas líricos clásicos griegos y de algunos textos clásicos orientales, pero destacó como notable arabista e historiador del periodo de la dominación musulmana en la Península Ibérica. Su obra más conocida son los tres volúmenes de la Historia de la dominación de los árabes en España sacada de varios manuscritos y memorias arábigas (3 vols., Imprenta que fue de García, Madrid, 1820-1821) que no pudo ver impresa; en su interior, en las págs. VII-VIII del último volumen, hay una breve lista de 65 arabismos empleados en el texto, algunas de las cuales fueron tomadas por los escritores románticos para proporcionar un ambiente exótico a sus escritos. Esta Historia despertó elogios y, a la vez, duros ataques por no utilizar de manera adecuada la información que tenía. Nunca antes se había escrito una historia de este tipo basada principalmente en fuentes árabes. Fue pronto traducida al alemán y al francés y unos años después al inglés. Conde, por otra parte, fue el descubridor de la literatura aljamiada.
En dos obras se ocupó de cuestiones lingüísticas, Censura crítica de la pretendida excelencia y antigüedad del vascuence (1804) y Censura crítica del alfabeto primitivo de España, y pretendidos monumentos literarios del vascuence (1806), ambas firmadas con sus iniciales y como cura de Montuenga. Con ellas pretendía rebatir la tesis defendida por Pedro Pablo de Astarloa (1752-1806), en sus Reflexiones filosóficas en defensa de la lengua vascongada (1804), de que el vasco es la lengua original de la que parten todas las demás. Nuestro erudito sitúa el origen del vasco en época posterior a la conquista romana. El argumento más contundente manejado por él fue el de que Astarloa carecía de conocimientos lingüísticos, que sí poseía Conde. En la polémica también participó Juan Bautista de Erro y Azpiroz (1774-1854) con su Alfabeto de la lengua primitiva de España (1806) y sus Observaciones filosóficas a favor del alfabeto primitivo, o respuesta apologética a la censura crítica del Cura de Montuenga (1807).
Además, nos dejó manuscritos dos diccionarios, un Diccionario arábigo español redactado en 1814 sin acudir a libros, todo de memoria. Contiene unas 4000 voces con sus equivalentes o definiciones en español, a veces con breves explicaciones de carácter enciclopédico. El otro diccionario es un temprano vocabulario caló-español, también de 1814, con unos 700 artículos agrupados por ámbitos designativos, con esporádicas informaciones gramaticales.