Nicolás León Calderón nació en Quiroga (México) en 1859. Realizó sus primeros estudios en su localidad natal, así como en Pátzcuaro (México), antes de trasladarse a Morelia (México), donde culminó su formación en el Colegio de San Nicolás de Hidalgo. Allí obtuvo el título de médico cirujano en 1883 y, poco tiempo después, reapareció como profesor de Patología interna (1885) y de Latín (1887). Compaginó la docencia con su cargo de médico y director tanto del centro de Medicina y Cirugía de Mujeres como del departamento del Hospital Civil de Morelia. Asimismo, se le encomendó la dirección del Museo de Michoacán (1886) y la organización del Museo de Oaxaca (1891). Durante el periodo que dirigió el Museo de Michoacán, fue nombrado procurador de Etnología en el Museo Etnográfico de Leipzig (1887) y profesor de la Academia de Niñas de Morelia (1888). Tras finalizar su etapa como director de museos, ejerció la docencia en la Escuela Normal de Profesores de Oaxaca (1893) y en la Escuela Nacional de Agricultura (1884). Perteneció al Instituto Bibliográfico de México desde 1899 y fue regidor presidente de la entonces conocida como Villa de Guadalupe Hidalgo (México). Desde 1900 hasta su muerte, en 1929, estuvo vinculado al Museo Nacional de México –salvo un breve lapso entre 1909 y 1911–, en el que ingresó como ayudante naturalista en 1900. Pronto ascendió a profesor de Etnología y, desde 1911, lo fue también de Antropología y Antropometría. Unos años antes de fallecer se ocupó de las asignaturas de Antropología física y Etnología mexicana en la Universidad Nacional de México –la actual Universidad Nacional Autónoma de México.
Nicolás León Calderón fue un prolífico escritor: dejó cerca de 400 estudios impresos, otros tantos manuscritos y varias ediciones y traducciones como el Arte del idioma zapoteco (Imprenta del Gobierno en la Escuela de Artes, Morelia, 1886) del padre Juan de Córdova (1503-1595) y del Arte de la lengua tarasca o de Michoacán (Tipografía de la Oficina Impresora del Timbre, México, 1898) del padre Maturino Gilberti (1498-1585). Su producción, restringida a los límites geográficos de su país, abarcó materias tan dispares como la Antropología, la Etnografía y la Etnología, la Medicina –en concreto, la especialidad de la Obstetricia–, la Botánica, la Historia, la Arqueología y la Lingüística. Destacan sus estudios etnográficos, etnológicos y lingüísticos sobre las sociedades precolombinas: Los tarascos. Notas étnicas y antropológicas comprendidas desde los tiempos precolombinos hasta los actuales colegidos de escritores antiguos y modernos, documentos inéditos y observaciones personales (Imprenta del Museo Nacional, México, 1904) y Los popolocas (Imprenta del Museo Nacional, México, 1905), entre otros. En materia lingüística, las contribuciones de León se circunscriben al ámbito de las lenguas prehispánicas: Silabario del idioma tarasco, Vocabulario de la lengua popoloca, Origen, estado actual y geografía del idioma pirinda o matlatzinca y Familias lingüísticas de México. En esta última, de mayor envergadura, León propone una clasificación de las lenguas vivas y muertas del territorio mexicano en 17 familias, susceptibles de ser integradas en una clasificación tripartita: la lengua otomí, la maya y la nahoa. De su aplicación al estudio de esta parcela de la Lingüística, surgieron las notas bibliográficas que publicó en L’Année Linguistique (vol. II, Librería de C. Klincksieck, París, 1904, págs. 249-287) de la Sociedad de Filología francesa y, más tarde, en los Anales del Museo Nacional de México (n.º 9, vol. II, 1905, págs. 180-191) con el título de «Las lenguas indígenas de México en el siglo XIX».