Se sabe muy poco de la vida de Juan Machiandiarena. Desde 1830 es maestro de latinidad por oposición, aunque no es hasta 1840 cuando es nombrado Catedrático interino de Latín y Castellano en el Instituto Provincial Guipuzcoano de Segunda Enseñanza de Vergara, del que será también secretario. El 15 de septiembre de 1846 pasa a ser propietario de ese mismo instituto. Allí ejerce docencia durante toda su vida laboral hasta que en 1868, impedido para la enseñanza, solicita su jubilación. Por acuerdo del claustro, lo sustituye en sus labores su hijo Rufino Machiandiarena, Catedrático de Geografía e Historia de dicho instituto.
Hay pocas muestras de su carácter y valía como maestro, si bien contamos con el informe de una visita de inspección realizada en el curso 1859-1860 a su instituto, que nos permite conocer la percepción del inspector en referencia a este maestro. De él se dice lo siguiente: “D. Juan Machiandiarena y Echevarría, Catedrático de Latín y Castellano, es poco apto, regularmente celoso, de carácter áspero y de morales bruscos y hasta groseros. Se desmanda frecuentemente con sus discípulos, quienes adelantan bien poco en la enseñanza de tal profesor”.
Machiandiarena es autor de un Arte de gramática castellana y latina, publicado en 1848 en Vitoria y elaborado para servir como manual para los profesores y alumnos de esta asignatura. Tras la introducción, el texto se divide en dos apartados: «Parte primera. Elementos» (pp. 9-108), en la que se describen las clases de palabras latinas y castellanas, y «Segunda parte. Sintaxis (construccion, coordinacion.) (pp. 109-210). A final se incluye también un «Estracto de la historia poètica, ó de las divinidades paganas» (pp. 211-234).