Son pocas las cosas que sabemos de Alonso de Molina, pues pasó prácticamente toda su vida en un convento, y en sus escritos apenas refleja nada sobre sí mismo. Nació alrededor de 1513 en Extremadura, en un lugar cercano a la Sierra de Gredos (en la actual provincia de Cáceres), aunque hay quienes sostienen su procedencia de otros lugares más o menos alejados a ese, con escaso fundamento. Siendo niño emigró con sus padres a América, y en 1522 ya se encontraba en Nueva España, con lo que debió aprender a hablar el nahua desde pequeño. En 1528 profesó en el convento de San Francisco de México, donde actuaría como intérprete con sus compañeros, además de enseñar nahua, siendo el primer profesor no nativo de esta lengua. Debió ordenarse hacia 1535 o 1536. Desde my temprana edad colaboró en la alfabetización y evangelización de los indios de Nueva España. Murió en México en 1579.
Fray Alonso de Molina escribió diversas obras, unas en castellano, otras en nahua, e hizo traducciones a esta última lengua de textos religiosos para que pudiesen ser utilizados por sus compañeros en la evangelización de los indios. Es conocido sobre todo por dos obras, el Vocabulario en la lengua castellana y mexicana y el Arte de la lengua mexicana y castellana. El Vocabulario es el más antiguo diccionario impreso en América, concebido a partir de nuestra lengua, siguiendo el modelo nebrisense, monodireccional español-nahua. La obra tuvo una segunda edición (Antonio de Spinosa, México, 1571), ya de carácter bidireccional, español-nahua y nahua-español. Es probable que fray Alonso redactara las dos partes de manera casi simultánea, o que, por lo menos, ya tuviese proyectada la segunda cuando mandó imprimir la primera. La obra tuvo una gran repercusión posterior como modelo para describir otras lenguas americanas, y como fuente de referencia en obras que llegan hasta nuestros días. Tal vez la segunda parte tardó más en terminarse por la necesidad de escribir el Arte de la lengua mexicana y castellana, complemento indispensable para la enseñanza o el aprendizaje del español y el nahua para los hablantes de la otra lengua, por lo que no deja de ser significativo que apareciese en el mismo año que la segunda edición del Vocabulario. El Arte tuvo una nueva impresión muy pocos años después de la primera (Pedro Balli, México, 1576). De la primera se hizo una edición facsímil en 1945, aunque sin estudio o nota preliminar (Ediciones Cultura Hispánica, Madrid).