Fr. Manuel de San Juan Crisóstomo Nájera nació en la Ciudad de México, en 1803, en el seno de una familia con gran sensibilidad hacia las Humanidades. A la edad de siete años le tocará vivir el suceso que le hará pasar, en 1821, de súbdito novohispano de la Corona Española a ciudadano mexicano. Por este motivo, le estará dado vivir una época convulsa, de grandes cambios y transformaciones. Al margen de toda esta realidad, nuestro autor mostró desde niño gran inclinación por los estudios y la vida religiosa, lo que lo llevó a ingresar en la orden de los carmelitas descalzos, en su convento de Puebla, tras más de una controversia familiar. En 1819 pasa al de México, donde concluye sus estudios de Teología y Filosofía, y se ordena sacerdote en 1826. Dos años más tarde, en 1828, y tras la breve disolución de su orden por parte de las nuevas autoridades mexicanas, es nombrado prior del convento de la Orden en San Luis Potosí, donde –además de su reconocida labor como predicador– tiene tiempo para dedicarse a una de sus mayores pasiones, la Filología. En 1831 se trasladó a la Ciudad de México para ocupar la dirección del Colegio de San Ángel. Sus ideas políticas lo llevaron a apoyar el pronunciamiento militar conocido como Plan de Jalapa, sublevación que pretendía defender una visión federal de los Estados Unidos Mexicanos. Tras el triunfo en 1833 del partido al que Manuel había contrariado con su apoyo a dicho pronunciamiento, se vio obligado a exiliarse durante unos meses en los Estados Unidos de Norteamérica, concretamente en la ciudad de Filadelfia; en esa ciudad se dedicó por entero a la investigación lingüística y entró en contacto con la Sociedad Filosófica Americana –institución a la que dedicó sus principales obras, Disertación sobre la lengua otomí y Gramática de la lengua tarasca–, lo que le sirvió para trabar amistad con algunos de los intelectuales estadounidenses y europeos más importantes del momento y para familiarizarse con nuevas corrientes científicas y de pensamiento. Tras su vuelta a México, en 1834, se radicó en el convento que los carmelitas tenían en la ciudad de Guadalajara (Jalisco) y se dedicó con ahínco a la docencia en el Colegio de San Gregorio, convertido durante la segunda mitad del siglo XIX en el gran referente de la enseñanza e investigación sobre lenguas prehispánicas del país. A principios del decenio de 1850 comenzó a sentirse enfermo, por lo que se retiró a su casa familiar, situada en la capital mexicana, donde murió en 1853.
Su Disertación sobre la lengua otomí fue publicada en Filadelfia en 1837 en latín, bajo el título de De Lingua Othomitorum Dissertatio. Esta obra fue –en su momento– revolucionaria, pues relacionó la lengua otomí con el chino. En 1845 se imprimió en México la primera edición bilingüe del texto. En ese mismo 1845 publicó un opúsculo en francés, Observations critiques […], con el cual Nájera critica la confusión de Eugène Duflot de Mofras (1810-1884), explorador de la costa del Pacífico, entre el nahua y el huasteco. Lo publicó en francés para que se enteraran los autores de los errores que se cometían sobre las lenguas habladas México, y así no tener que traducirlo más tarde. Por último, póstumamente, apareció publicada en Morelia, en 1870, su Gramática del tarasco, edición realizada por su discípulo Agustín Fernández Villa (1828-1893); este manual fue reeditado en 1872 –dentro del Boletín de la Sociedad Mexicana de Geografía y Estadística (t. IV, págs. 664-689)– por otro de sus discípulos, Eufemio Mendoza (1840-1876), quien polemizó con Fernández Villa acerca de la fecha de composición de la obra. Ya en el siglo XX, en 1944 (Libros de México, Ciudad de México), apareció una nueva edición. Por las fechas en que le tocó vivir y por la modernidad de su obra es considerado el primer lingüista mexicano.