Manuel Pérez fue un religioso, catedrático de nahua y gramático novohispano, activo desde finales del siglo XVII y durante el primer cuarto del siglo XVIII. Los datos biográficos conservados sobre este fraile agustino son bastante escasos, por lo que –hasta los últimos años de su vida– es difícil trazar una cronología clara: parece que vio la luz en el seno de una familia criolla en algún punto del Valle de México, en pleno corazón del Virreinato de la Nueva España. Se desconoce el origen y extracción de su familia, así como detalles sobre su infancia, adolescencia, juventud y estudios, aunque todo parece indicar que se formó en Filosofía y Teología en la Real Universidad de la capital novohispana. Terminados sus estudios y ordenado sacerdote, dedicó unos años a labores docentes. No se sabe exactamente cuándo abandonó estas tareas para ocupar el cargo de párroco en la iglesia capitalina de San Pablo. Aparejado a esta responsabilidad, ocupó el puesto de ministro de doctrina de los naturales –es decir, de la población indígena– adscrita a esa parroquia. Durante siglos, la separación de la población indígena de la criolla y española en dos repúblicas, que coexistían paralela pero independientemente, fue una realidad en toda la América española. Dentro de la comunidad indígena, los miembros de las órdenes mendicantes desarrollaron una importante labor –articulada mediante la figura de ministro de doctrina, el mismo cargo desempeñado por nuestro autor– en defensa de esa población contra los abusos de los colonos y la corrupción moral de las clases dominantes (dentro de la idea de inocencia atribuida a los pueblos amerindios); además de estas tareas, los frailes no olvidaban su objetivo fundamental: el adoctrinamiento religioso de las comunidades aborígenes en su propia lengua. Este hecho permite atribuir a Pérez cierto conocimiento de la lengua nahua por aquellos años. Pasado un tiempo, en 1696, y por espacio de cinco años, el agustino abandonó la Ciudad de México para instalarse en el convento de la localidad de Chiauhtla de la Sal (hoy, Chiauhtla de Tapia, estado de Puebla), donde parece que se dedicó a perfeccionar su conocimiento del nahua y a familiarizarse con el dialecto local. En 1701 regresó a la capital para ocupar una cátedra en su universidad y, aunque ambicionaba la de Teología, finalmente consiguió la de lengua mexicana. Manuel Pérez mantuvo esa responsabilidad hasta su muerte, durante 24 años.
Su labor filológica se centró en la creación de manuales de aprendizaje de la lengua nahua, destinados a religiosos y evangelizadores, en plena comunión con los principios de la lingüística misionera. Su Arte de el idioma mexicano, texto que no llegó a alcanzar mucha fama ni difusión –no se conocen ediciones posteriores a la príncipe–, mantiene la estructura ideada por Nebrija (1441 o 1444-1522) en cinco libros y, según reconoce su propio autor, utiliza como modelo la obra del oaxaqueño Juan de Mijangos, O. S. A. (¿?-1607-¿?), texto hoy desconocido. También destaca, como contrapunto a las obras de otros gramáticos –que se centraron en la realización más prestigiosa del idioma mexicano, la hablada en el triángulo México-Tenochtitlán-Texoco–, por su aproximación a la variedad nahua de «Tierra Caliente y Costa del Sur», denominación imprecisa que hace referencia a gran parte de la costa pacífica del país y, en concreto, a las zonas hoy ocupadas por los estados de Morelos, Guerrero y suroeste del Estado de México, territorios sujetos en aquellos años a la evangelización agustina. Otro de sus textos, Cartilla mayor en lengua castellana, latina y mexicana, también le ha sido atribuida a un tal Baltasar del Castillo (¿?-1683-¿?); sea como fuere, este texto tuvo más fortuna y se reeditó en 1718.