Hijo de Roger Ray y Elizabeth, nació en Essex, uno de los cuarenta y siete condados de Reino Unido, el 29 de noviembre de 1628 y es considerado uno de los naturalistas más importantes y fundador de la botánica moderna. Se matriculó en la escuela de Baintree, donde descubrió su afán por los clásicos y a los 16 años se trasladó a estudiar a la Universidad de Cambridge, y tiempo más tarde al Trinity College, donde siguió ampliando sus competencias y estudios sobre las lenguas clásicas. Allí fue elegido como Minor Fellow of Trinity en 1649 a lo que le siguió el Dignity of mayor Fellow y, finalmente, fue nombrado profesor de griego y lector en el ámbito de las humanidades.
Sin embargo, como en las universidades no había formación en botánica decidió investigar y estudiar de manera autónoma dicha disciplina. Entre sus publicaciones pueden destacar Catalogus stirpium circa Cantabrigiam nascentium (1660), utilizada como manual de estudio en numerosas universidades; Catalogus plantarum Angliae et insularum adjacentium (1670) sobre flora; Ornithologia libri tres (1676) obra de su amigo Francis Willugby que publicó después de su muerte; Methodus plantarum nova (1682); Historia plantarum generalis (1686-1687); Synopsis methodica Stirpium Britannicarum (1690), que tuvo gran repercusión entre los botánicos del momento y Methodus emendata (1703).
Por otro lado, estuvo muy vinculado con la religión y con distintas órdenes religiosas, llegando a ser nombrado decano y presbítero. Sin embargo, debido a la Bartholomew Act (1662), ley que quería expulsar a los congregacionalistas religiosos de la vida inglesa, John Ray abandonó la orden debido a que estaba llena de prejuicios y escrúpulos con los que no comulgaba. Finalmente, dejó constancia de su estrecha relación con la Iglesia con la publicación de The wisdom of God manifested in the work of the creation (1691).
A partir de este momento (1663), comenzó a viajar por distintas zonas de Europa hasta 1673, año en el que regresó a Inglaterra para su casamiento. Durante ese tiempo, dejó constancia de todos sus viajes a través de manuscritos en los que reflejaba cada uno de sus itinerarios, textos que fueron encontrados y publicados posteriormente. Lo primero que escribió fue Collection of proverbs, libro que, aunque impreso en 1669, no se publicó hasta 1672. También en esa misma fecha se publicó su Nomenclatur classicus. En 1673 publicó Observations Typographical and moral y Collection of unusual or local words, a la que añadió un catálogo relacionado con la fauna prototípica de Inglaterra.
En 1679 tuvo lugar la muerte de su madre, lo que le llevó a permanecer en su ciudad natal, donde terminó Methodus Plantarum nova (1682) e Historia plantarum generalis, obras mencionadas con anterioridad. Debido a sus publicaciones, es evidente que Ray pasó gran parte de su vida dedicado al estudio y a la investigación. Murió en su ciudad natal el 17 de enero de 1705.
Su presencia en la BVFE se debe a A compleat collection of Ensligh Provebs […] (3.ª ed.), obra en la que no solo pone de manifiesto diferentes sentencias o proverbios de la lengua inglesa relacionadas con distintas temáticas, sino que incluye los ‘proverbios’ más representativos de otras lenguas como el italiano, el francés, el español o el escocés, todos ellos ordenados alfabéticamente. Se reeditó en las décadas siguientes.