Según los datos encontrados, Francisco Ruiz de la Peña nació en la localidad burgalesa de Villanueva de la Blanca en 1832. Tras estudiar Teología en el seminario de Burgos, continuó con sus estudios en Filosofía y Letras, hasta obtener el grado de doctor. Desde 1859 fue profesor sustituto de Latín y Griego, en 1862 obtuvo la cátedra de Latín y Griego en el instituto de la Ciudad Real y, más adelante, ejerció de catedrático de Latín y Castellano en diversos institutos de ciudades como Bilbao, Ourense, Cuenca o León (en esta última ciudad, desde 1872). En 1886 fue nombrado para la cátedra de Latín y Castellano del Instituto de Burgos y, dos años más tarde, se trasladó a un puesto equivalente en el Instituto de Bilbao. En 1911 se jubiló y falleció finalmente en 1915, según las noticias que hemos encontrado en la prensa periódica coetánea.
Ruiz de la Peña fue un autor prolífico que colaboró en diversos diarios de la época (como La idea. Revista semanal de instrucción pública o El porvenir de León) y publicó numerosas obras didácticas destinadas, principalmente, a facilitar la enseñanza del latín. Algunas de ellas contaron además con varias ediciones, reflejo de éxito que obtuvieron. Entre estas obras, podemos destacar las Tablas léxicas, o catálogo, por orden alfabético, de todos los verbos latinos, que en algunas de sus formas alteran la estructura de la raíz normal, los Ejercicios prácticos de traducción latina, así como las Peculiaridades ortográficas y etimológicas del idioma latino, o sea Gramática latina propiamente dicha, que fueron publicadas nuevamente en diversas ocasiones.
Asimismo, imprimó otros textos dedicados a la educación o a cuestiones de la administración del Estado, como Monopolios industriales y comerciales y absorciones políticas que conculcan la equidad, perturban el orden y dan al traste con el bienestar de los pueblos y la riqueza de los Estados (Imp. de Pujol, Vitoria, 1907) o De la instrucción y educación en España: de las industrias en general y de las clases productoras (Imp. y lib. de los Hijos de Santiago Rodríguez, Burgos, 1907).