De la vida de Johann Daniel Wagener poseemos pocos datos. Nació en Bergheim (Waldeck, Hessen, Alemania), hijo de un terrateniente. Estudió Teología, y en 1764 se trasladó a la Universidad de Leipzig, donde trabó amistad con Goethe. A los pocos años regresó a su localidad natal. A comienzos de la década de 1790 se traslada a Hamburgo donde ejerció como notario y traductor, a la vez que componía sus obras, donde vivió hasta su muerte en 1836, pasando verdaderas estrecheces económicas, teniendo que vender propiedades y obras. En la segunda edición (1807) de su Spanische Sprachlehre, y en el diccionario de faltriquera (1808), pone bajo su nombre que era profesor y doctor, lo que no aparecía en sus obras anteriores, por ejemplo, en la primera aparición de ese manual (1795) o en el Diccionario manual de 1801, lo que lleva a conjeturar que pudo alcanzar el cargo y el título entre 1795 o 1801 y 1807. De su producción se desprende que debía conocer bien, además de su alemán materno, el español y el portugués, así como el italiano y el francés, lenguas que traducía. Es más, en la portada de su diccionario portugués-alemán se presenta como doctor y profesor de lengua española y portuguesa. Fue teólogo y notario.
Wagener es autor de un diccionario bilingüe portugués-alemán (Novo diccionário portuguez-alemão e alemão-portuguez [...] que contem muitas voces importantísimas, que não se achão nos diccionários até agora publicados, 2 vols., Engelhard Benjamin Schwickert, Leipzig, 1811-1812), el más antiguo con ambas lenguas, aparecido después de los que redactó con el español. El primero de estos es el Nuevo diccionario español-alemán y alemán-español, en el que el Nuevo del título hace referencia, sin duda, a la primera parte del repertorio de Ernst August Schmid (1746-1809), aparecido solamente tres años antes (Diccionario español y alemán, Schwickert, Leipzig, 1795). Según dice el propio autor, dedicó a la elaboración de su diccionario más de veinte años. La primera parte, español-alemán, como sucedía al de Schmid, es mucho más extensa que la parte alemán-español, esta con la mitad de páginas que la otra. Como reza en su título, es el más completo de los diccionarios con ambas lenguas publicados hasta el momento, para lo que tuvo presentes los diccionarios anteriores. El Nuevo diccionario de Wagener gozó de cierta fama, y se reeditó muy pronto en cuatro volúmenes (G. Vollmer, Hamburgo-Altona, I y II 1800, III y IV, 1801), los dos primeros con la parte español-alemán, y los otros dos la parte alemán-español, y más tarde se hizo de él una versión abreviada, el Diccionario de faltriquera, lo que viene a confirmar la aceptación que tuvo por parte del público.
Antes que sus diccionarios, Wagener había publicado en 1793 una colección de textos como apoyo a la enseñanza de nuestra lengua (Spanisches Lesebuch für Anfänger), a la que añadió, al final, un glosario monodireccional español-alemán para que los usuarios alemanes pudiesen entender los textos, con el título genérico de «Wörterbuch». Pese a las intenciones con que fue redactado, es extenso, aunque mucho menos que cualquiera de los otros dos diccionarios.
También dio a la luz Wagener un manual sobre la pureza y la elegancia en el estilo, especialmente aplicado a la redacción epistolar, las Reflexiones sobre el estilo. En él trata de cuestiones gramaticales, léxicas y ortográficas.