Poco sabemos de la vida de Bernardo José de Aldrete (o Alderete) Passadas, y los datos que tenemos a veces son contradictorios. En sus obras su apellido aparece como Aldrete, aunque él y sus familiares parecían preferir el de Alderete. Nació en Málaga, hijo de un hombre adinerado y conocido en esa ciudad que, al menos, tuvo otros seis hijos. Era gemelo de uno llamado José, de quien tomó el nombre cuando falleció en 1616. Bernardo estudió en Málaga hasta la edad de quince años, y más tarde Decretales en la Universidad de Osuna. Se ha venido sosteniendo que durante un tiempo residió en Roma, si bien es poco probable a la vista de los documentos de que disponemos hoy, por más que su obra principal, Del origen y principio de la lengua castellana, fuese publicada allí, habiendo gestionado la publicación desde España. Tampoco es determinante la compra que hizo en Roma de ciertos libros: pudo efectuarla en su nombre cualquier otra persona. Desarrolló la mayor parte de su vida activa en Córdoba, aunque residió algunas temporadas en Sevilla y en Granada, desde donde realizó esporádicos viajes a Madrid. En la catedral de Córdoba fue racionero y canónigo. Antes había disfrutado durante cierto tiempo del privilegio de beneficiado en la iglesia de Santo Domingo de Ciruela y en Cazorla. Murió ya octogenario en la ciudad de Córdoba, en cuya catedral está enterrado.
La fama de Alderete como gramático e historiador cundió por España y por el extranjero, y entre sus amigos se contaron personas de tanto relieve como el cordobés Luis de Góngora (1561-1627) y Tomás Tamayo de Vargas (ca. 1589-1641).
Como gramático no se ha prestado a Alderete la atención que merece, a pesar de su originalidad. Su libro Del origen y principio de la lengua castellana tal vez sea la principal obra filológica del Siglo de Oro. Ha llegado a afirmarse que con ella nace la filología románica, pues sienta los principios de la etimología, superando en su concepción a los humanistas italianos. Fue una obra de prestigio en su momento, hasta el punto de que su segunda edición vio la luz en un tomo conjuntamente con la segunda edición también del Tesoro de la lengua castellana o española de Sebastián de Covarrubias (1674). Alderete es de una gran clarividencia, ya que defiende al castellano como lengua derivada del latín por corrupción debida a las invasiones germánicas, frente a las opiniones pintorescas de otros coetáneos suyos. Aldrete se suma a los antecesores suyos, y contemporáneos, que dignificaban las lenguas vulgares por su semejanza con la latina, no con la simple intención de alabarlas, sino para revalorizarlas. En sus Varias antigüedades de España, África y otras provincias Aldrete vuelve a insistir sobre lo expuesto en el otro libro, haciendo gala de sus saberes de historiador.