Juan Manuel Calleja fue un presbítero y un escritor de finales del siglo XVIII. Durante los años de la Guerra de Independencia (1808-1814) desempeñó el cargo de administrador del partido de Uceda (Guadalajara). Dirigió el Colegio de Santiago (Bilbao) hasta 1820, el Colegio de San Mateo en Madrid (1820-1825) y el Colegio Real de San Pablo (Valencia) entre 1847 y 1850. Durante esta etapa estableció y estrechó lazos con algunos afrancesados como Alberto Lista (1775-1848), con quien mantuvo correspondencia, y José Mamerto Gómez Hermosilla (1771-1837). Murió hacia 1851 o 1852.
Sus publicaciones guardan relación con su labor profesional. Como hombre de iglesia, escribió algunas obras de materia religiosa. Otras, de carácter pedagógico, las redactó pensando en los alumnos de las escuelas que dirigió. Destinó el Prontuario de las reglas de buena crianza y urbanidad que deben saberse y practicarse por todos los que aspiren a pasar por bien criados y educados (Benito Monfort, Valencia, 1847) al Colegio Real de San Pablo y, al Colegio de San Mateo, tanto el Reglamento para la Casa de Educación establecida en Madrid (calle de San Mateo) bajo la dirección del presbítero Don Manuel Calleja (León Amarita, Madrid, 1821), como el Programa de los ejercicios literarios que celebrarán los alumnos de la Casa de Educación sita en la calle de San Mateo de esta corte, dirigida por el presbítero don Juan Manuel Calleja destinados a los exámenes generales y públicos que se deben hacer anualmente por reglamento (s. i., Madrid, 1822). La obra más reseñable de su producción son los Elementos de gramática castellana, donde expuso teorías sobre los orígenes del lenguaje y de las gramáticas, aunando las de los ideólogos franceses Destutt de Tracy (1754-1836) y Roch-Ambroise de Sicard (1742-1822). El objetivo de Calleja fue proporcionar a los jóvenes una herramienta para el aprendizaje de la lengua materna que era, a su parecer, un proceso ineludible en el desarrollo de las capacidades analíticas y la base sobre la que construir el conocimiento. El manual lo vertebran cuatro partes: «Analogía» –que atiende las cuestiones del nivel morfológico de la lengua–, «Ortografía», «Prosodia» y «Sintaxis». En esta última, propuso tres grandes categorías funcionales para clasificar los elementos de una oración: sustantivas, atributivas y conexivas. La inclusión conjunta de adjetivos y verbos en la clase atributiva y la consideración del verbo ser como un elemento de la categoría conexiva –una decisión que resalta sus propiedades sintácticas en detrimento de las semánticas– hace de los Elementos una obra innovadora.