Aunque se sabe que nació en Santander en una familia de gentes de la mar, se desconoce la fecha en que ocurrió. Cursó estudios de navegación, pero abandonó esa dedicación. Fue nombrado miembro del Consejo de Indias, y en 1573 visitador y oidor de la audiencia de Guatemala (puesto en el que se mantuvo hasta 1579), lo que le permitió realizar numerosos viajes que quedaron reflejados en la Relación que hizo de ellos a Felipe II (1527-1598). El 1578 se ofreció al rey para gobernar Filipinas y someterlas a su costa, cargo que no consiguió. Sin embargo sí que fue nombrado alcalde del crimen en la audiencia de Méjico en 1579, y en 1587 capitán general de la escuadra que se formó en Acapulco para perseguir al pirata Francis Drake (ca. 1543-1596), aunque nunca se hizo a la mar pues el corsario inglés había abandonado aquellas costas. En 1580 obtuvo el doctorado en derecho canónico por la Real y Pontificia Universidad de Méjico, de la cual fue rector entre 1581 y 1582. Fue innovador en la construcción naval, para la que empleó maderas americanas y ordenó sembrar algodón en Méjico para poder tejer las velas; además, intentó mejorar la navegación. Fue acusado por el arzobispo de Méjico Pedro Moya de Contreras (ca. 1527-1591) de enriquecer ilícitamente a un hermano suyo y de numerosos cargos más, sometido a un juicio de residencia se le declaró culpable, si bien más adelante se demostró que todo había sido fruto de una venganza personal del religioso –pero el daño estaba hecho–, y tuvo que pagar una cuantiosa multa. Murió arruinado en 1595.
Plasmó sus conocimientos marineros en la Instrución náuthica, el primer tratado náutico de la historia, dividida en cuatro libros, en el último de los cuales aparece un «Vocabulario de los nombres que usa la gente de la mar, en todo lo que pertenesce a su arte, por el orden alphabético», que es, igualmente, el más antiguo impreso que tenemos de la materia, con 1584 entradas, y que se constituyó en la fuente de los glosarios posteriores.
Manuel Alvar Ezquerra